Em Janeiro de 1948, o Partido Comunista chegou ao poder na Checoslováquia, suspendendo algumas rotas no continente Europeu e para o Médio Oriente, e substituiu a maior parte de sua frota por aeronaves fabricadas pelos soviéticos. Em 1957, a CSA Czech Airlines tornou-se uma das primeiras companhias aéreas a oferecer serviço de jacto, recebendo o primeiro carregamento de Tupolev TU- 104A. O primeiro serviço transatlântico foi realizado no dia 3 de Fevereiro de 1962 com um voo para Havana.

Após a dissolução da federação da Checoslováquia, a companhia aérea adoptou o seu nome actual em Maio de 1995. Possui 4.411 funcionários (em Janeiro de 2005). A 25 de Março de 2001 a companhia aérea passou a fazer parte da aliança global de companhias aéreas SkyTeam. Em 2008, a companhia aérea deixou de voar para seus destinos transatlânticos: Nova Iorque, Toronto e Montreal.

A frota CSA Czech Airlines é composta pelas seguintes aeronaves: 8 Airbus A319-100, 8 Airbus A320-200, 2 Airbus A321-200, 1 Boeing 737-400, 10 Boeing 737-500, 1 ATR 42-300, 7 ATR 42-500 e 4 ATR 72-200.